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Prenant en compte la fragilité des écosystèmes insulaires, le Cirad contribue à inventer une agriculture plus écologique, en mettant au point des systèmes de culture durables. Ils intègrent de nouvelles pratiques agroécologiques et de nouvelles variétés, respectueuses de l'environnement et adaptées à ses contraintes.

Le Cirad anticipe et gère les risques sanitaires infectieux liés aux animaux sauvages et domestiques en menant des recherches sur les maladies animales et d'intérêt pour la santé publique, en collaboration avec les autres territoires de la Caraïbe.

Le Cirad en Guadeloupe compte une centaine d'agents, dont 25 chercheurs sur trois sites
d'activité :

• Neufchâteau (Capesterre Belle-Eau), où se trouvent la direction régionale et les équipes des plateformes d'amélioration variétale du bananier et de systèmes de cultures innovants. Ces plateformes sont des supports d’expérimentations et d’échanges avec les acteurs des filières agricoles locales (agrumes, banane dessert, banane à cuire, cacao, ananas).  Elles proposent de nouvelles pratiques et procédés innovants pour une agriculture diversifiée en Guadeloupe : nouvelles variétés, nouveaux modes de production sans intrant chimique, itinéraires techniques post-récolte et procédés de transformation innovants. Depuis 2019, une unité pilote certifiée en Agriculture Biologique a été mise en place sur 4hectares où des systèmes bananiers en agroforesterie sont en cours d’expérimentation.
• Roujol (Petit-Bourg), où se trouvent les équipes travaillant sur les innovations variétales sur agrumes, igname et le Centre de ressources biologiques Plantes tropicales et l’équipe Arbre-Bois-Forêt (ABF) de Guadeloupe. Le centre de Ressources Biologiques Plantes Tropicales (CRB PT), créé par le Cirad et INRAE, conserve une grande partie de la diversité végétale des plantes tropicales cultivées. La majeure partie des collections (mangue, canne à sucre, banane, igname) se trouvent en Guadeloupe, avec une collection (ananas) basée en Martinique. Le CRB PT est certifié selon la norme Iso 9001-2015. L’équipe ABF conduit des recherches dans les domaines de la croissance, plantation et qualité du bois des arbres des petites Antilles.
• Duclos (Petit-Bourg), où l'équipe pluridisciplinaire du () est accueillie. Ce centre héberge des laboratoires de haute technologie de niveau de sécurité 2 et 3. Il est le laboratoire de diagnostic régional pour la Caraïbe, la référence mondiale pour la cowdriose (maladie transmise aux ruminants par les tiques), mais aussi le siège du réseau caribéen de santé animale, . Ses laboratoires sont accrédités selon la norme Iso 17025 par le Cofrac.

L’Union européenne cofinance des projets avec le fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER)